Governador de 1662 a 1667, Rui Vaz de Siqueira foi um personagem curioso na história do Maranhão. Comendador de São Vicente da Beira na Ordem de Cristo, já bastante experimentado como militar, era um homem enigmático e dotado de sombria determinação.

Por conta de sua brilhante folha de serviços prestados, a Coroa Portuguesa confiou-lhe a árdua tarefa de apaziguar a Capitania do Maranhão, à época sacudida por sucessivos motins da população branca contra os padres jesuítas e a autoridade real. Para tanto, recebeu da própria Regente de Portugal poderes discricionários para contornar esse inquietante estado de coisas, mas, ao mesmo tempo, foi-lhe recomendado que os usasse com prudência e moderação - qualidades raras nos oficiais portugueses enviados ao Brasil, quase todos eles propensos a resolver os conflitos à força das armas.

Nesse aspecto, Rui Vaz surpreendeu. Chegou a São Luís sem escolta militar e foi recebido com franca hostilidade: o Senado da cidade exigiu-lhe que, antes de ser empossado no cargo, assinasse um documento onde se comprometia moralmente em não opor resistência à expulsão dos jesuítas, mesmo que tivesse recebido, em Lisboa, ordens em contrário.

Esse era o caso: tanto a população quanto o Senado de São Luís queriam ver os jesuítas pelas costas, pois essa ordem religiosa se opunha com veemência à captura e ao trabalho escravo dos índios - só que faltavam braços nas lavouras e nos serviços domésticos. A situação já rendera vários conflitos, revoltas e motins. O padre Antônio Vieira estava no centro da controvérsia, manobrando para que a Coroa restringisse cada vez mais a escravidão dos nativos e alargasse, em contrapartida, o poder da sua ordem. Como ele possuía grande influência junto à Corte, foi obtendo progressivamente todas essas concessões.

Rui Vaz não simpatizava muito com os jesuítas, mas a exigência feita arranhava consideravelmente a sua autoridade - poderiam depois disso julgá-lo fraco e influenciável. Ainda assim, correu o risco e concordou em assinar o documento apresentado pelo Senado da cidade de São Luís.

Assumindo o governo, começou a virar o jogo a seu favor. Era bastante hábil em conquistar a simpatia e o apoio de quem quisesse, e com isso foi paulatinamente apaziguando a situação. Quando o novo El-Rei de Portugal, Afonso IV, subiu ao trono, a Coroa deixou bem claro que os missionários não poderiam mais interferir no governo temporal dos índios. Os jesuítas continuariam, claro, sua missão de converter o gentio, mas essa conversão seria feita também por outras ordens religiosas, o que antes era proibido. O padre Antonio Vieira foi exilado na cidade do Porto, mas por algum tempo a situação em São Luís ainda permaneceu tensa, pois a população continuava insatisfeita.

E igualmente insatisfeito estava Rui Vaz. O novo El-Rei havia determinado que as entradas - missões militares que iam sertão adentro capturar índios não catequizados para o trabalho escravo - tivessem seus comandantes nomeados pelas Câmaras Municipais, e não mais pelo Governador, que não poderia mais organizá-las em proveito próprio.

Privado assim de uma fonte de renda certa, e grande, da qual todos os seus antecessores haviam se aproveitado muito bem, Rui Vaz protestou. Incitou os ânimos da Câmara de São Luís contra a de Belém. Conspirou como pôde para evitar que a nova lei fosse publicada. Depois de muitas idas e vindas, de réplicas, de negociações e negociatas, conseguiu o tempo necessário para que se realizassem várias entradas, e delas obteve o lucro que achava justo a um homem de sua posição. Centenas de aldeias tapuias pereceram incendiadas, e um grande número de guerreiros foram aprisionados e transformados em escravos.

No governo de Rui Vaz uma epidemia de varíola assolou São Luís e espalhou-se a seguir pelas capitanias vizinhas, provocando um número significativo de vítimas. Antes de retirar-se para o Reino, Rui Vaz mandou fazer a primeira plantação de tabaco do Maranhão e arcou do próprio bolso a construção da igreja de São João Batista.

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